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Investigations toward the accumulation, separation, mixing and detection of charged species using microfluidic electrophoresis

Gebhard, Florian (2024)
Investigations toward the accumulation, separation, mixing and detection of charged species using microfluidic electrophoresis.
Technische Universität Darmstadt
doi: 10.26083/tuprints-00026944
Ph.D. Thesis, Primary publication, Publisher's Version

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Item Type: Ph.D. Thesis
Type of entry: Primary publication
Title: Investigations toward the accumulation, separation, mixing and detection of charged species using microfluidic electrophoresis
Language: English
Referees: Hardt, Prof. Dr. Steffen ; Bercovici, Prof. Dr. Moran
Date: 11 April 2024
Place of Publication: Darmstadt
Collation: xii, 135, XXXI Seiten
Date of oral examination: 21 February 2024
DOI: 10.26083/tuprints-00026944
Abstract:

In microfluidics, a variety of electrophoretic techniques is used, for example to purify, focus, fractionate, detect or process bioparticles such as DNA molecules, proteins, cells or extracellular vesicles. Although there are many established methods - e.g. capillary electrophoresis, free-flow electrophoresis or isotachophoresis - there is still much potential for improvement and development of new approaches. Therefore, this thesis presents investigations toward the accumulation, separation, mixing and detection of charged species using microfluidic electrophoresis.

The first part deals with the electrophoretic transport of bioparticles in aqueous twophase systems (ATPS) based on dextran and polyethylene glycol (PEG). In a first step, the interaction of two model proteins with the ATPS interface is investigated. Both proteins experience an interfacial transport resistance when they are transported from the dextran-rich phase to the PEG-rich phase. However, as this transport resistance is not equally pronounced for both proteins, they can be separated at the phase boundary. A similar principle is then applied to a solution containing both exosomes and proteins. While the exosomes are retained at the phase boundary, the proteins can cross over relatively easily. It should therefore be possible to purify exosomes in this way.

Next, the stability of the liquid-liquid phase boundary in an ATPS is studied. Especially at higher field strengths, instabilities occur that are presumably caused by Faradaic reactions at the electrodes. Only if these phenomena are prevented, it will be possible to study the actual influence of the electric field on the interface and to reliably perform separation processes.

The next part of this thesis focuses on sample detection using isotachophoresis (ITP), a special electrophoretic technique that allows to increase the local concentration of a sample by several orders of magnitude. A new approach is presented to lower the detection limit via signal processing by exploiting knowledge of the physics of electrophoretic sample transport and the imaging process. By cross-correlating pairs of noisy fluorescence images of an analyte focused by ITP, the electrophoretic velocity of the sample can be extracted in a first step even at low signal-to-noise ratios. Based on this velocity, a Galilean transformation is then performed on the entire set of images to align the fluorescence intensity distributions of the sample obtained from the individual images and generate a series of quasi-replicate measurements. Averaging over the transformed data significantly reduces the noise superposing the raw images. In this way, the detection limit is lowered by approximately two orders of magnitude without any additional instrumentation.

Microfluidic ITP offers advantages not only in detecting low-concentration samples but also in significantly accelerating the reaction rate of chemical species by co-focusing reactants within a narrow sample zone. However, traditional ITP lacks the capability to control the reaction rate in real time. Therefore, a novel ITP mode is introduced that enables the temporal manipulation of the overlap of two ITP zones by applying an oscillating electric field. By adjusting the frequency and amplitude of the oscillation, it is possible to precisely control the time average of this overlap. This concept is demonstrated using two non-reactive fluorescent species. However, it is proposed that this approach can be applied to chemical reactions between ionic species focused by ITP, allowing for the direct control of the corresponding reaction rate by tuning the parameters of the oscillatory electric field.

Alternative Abstract:
Alternative AbstractLanguage

In der Mikrofluidik wird eine Vielzahl an elektrophoretischen Techniken angewendet, zum Beispiel um Biopartikel wie DNA-Moleküle, Proteine, Zellen oder extrazelluläre Vesikel aufzureinigen, zu fokussieren, zu fraktionieren, zu detektieren oder zu verarbeiten. Obwohl es viele etablierte Methoden gibt - z.B. Kapillarelektrophorese, Free-Flow Elektrophorese oder Isotachophorese - gibt es immer noch ein großes Potential für Verbesserungen und die Entwicklung neuer Ansätze. Deshalb werden in dieser Arbeit Untersuchungen zur Akkumulation, Separation, Mischung und Detektion von geladenen Spezies mittels mikrofluidischer Elektrophorese präsentiert.

Der erste Teil behandelt den elektrophoretischen Transport von Biopartikeln in wässrigen Zweiphasensystemen (englisch: aqueous two-phase systems, kurz: ATPS) auf Basis von Dextran und Polyethylenglycol (PEG). In einem ersten Schritt wird die Interaktion von zwei Modellproteinen mit der Grenzfläche des ATPS untersucht. Beide Proteine erfahren an der Grenzfläche einen Transportwiderstand, wenn sie von der Dextran-reichen Phase in die PEG-reiche Phase transportiert werden. Da dieser jedoch nicht für beide Proteine gleich stark ausgeprägt ist, können diese an der Phasengrenze separiert werden. Ein ähnliches Prinzip wird anschließend auf eine Lösung angewendet, die sowohl Exosomen als auch Proteine enthält. Während die Exosomen an der Phasengrenze zurückgehalten werden, können die Proteine relativ einfach passieren. Es sollte deshalb möglich sein, Exosomen auf diese Weise aufzureinigen.

Anschließend wird die Stabilität der flüssig-flüssig Phasengrenze in einem ATPS untersucht. Besonders bei hohen Feldstärken treten Instabilitäten auf, die vermutlich von Faradayschen Reaktionen an den Elektroden verursacht werden. Nur wenn diese Phänomene verhindert werden, wird es möglich sein, den eigentlichen Einfluss des elektrischen Feldes auf die Grenzfläche zu ermitteln und Trennoperationen zuverlässig durchzuführen.

Der nächste Teil dieser Arbeit fokussiert sich auf die Probendetektion mittels Isotachophorese (ITP), einer speziellen elektrophoretischen Technik, die es erlaubt, die lokale Konzentration einer Probe um mehrere Größenordnungen zu erhöhen. Ein neuer Ansatz wird präsentiert, mit dem es möglich ist, die Nachweisgrenze in der Signalverarbeitung zu verringern. Durch Kreuzkorrelation von Paaren verrauschter Fluoreszenzbilder eines mittels ITP aufkonzentrierten Analyten kann in einem ersten Schritt die elektrophoretische Geschwindigkeit der Probe auch bei geringen Signal-Rausch-Verhältnissen bestimmt werden. Basierend auf dieser Geschwindigkeit wird anschließend eine Galilei-Transformation auf den gesamten Datensatz angewendet, um die Fluoreszenzintensitätsverteilungen der Probe aus den einzelnen Bildern auszurichten und eine Reihe von quasi-identischen Daten zu erzeugen. Das Rauschen, das die Rohdaten überlagert, kann durch Mittelung über diesen transformierten Datensatz reduziert werden. Auf diese Weise ist es möglich, die Nachweisgrenze ohne zusätzliche Messinstrumente um zwei Größenordnungen zu verringern.

Mikrofluidische ITP ist nicht nur von Vorteil bei der Detektion von Proben mit geringer Konzentration, sondern kann auch verwendet werden, um Reaktionen von chemischen Spezies signifikant zu beschleunigen, indem Reaktanten zusammen in einer engen Probenzone aufkonzentriert werden. In der traditionellen ITP ist fehlt es jedoch an Möglichkeiten, die Reaktionsrate in Echtzeit zu kontrollieren. Aus diesem Grund wird eine neue Variante der ITP eingeführt, die es erlaubt, die Überlappung von zwei ITP-Zonen mittels eines oszillierenden elektrischen Feldes temporär zu manipulieren. Durch Anpassung der Frequenz und der Amplitude der Oszillation ist es möglich, das zeitliche Mittel dieser Überlappung präzise zu kontrollieren. Dieses Konzept wird anhand zweier fluoreszierender Spezies, die nicht miteinander reagieren, demonstriert. Es liegt jedoch nahe, dass dieser Ansatz auch auf chemische Reaktionen zwischen ionischen Spezies, die durch ITP aufkonzentriert werden, angewendet werden kann, was die direkte Kontrolle der entsprechenden Reaktionsrate über die Einstellung der Parameter des oszillierenden elektrischen Feldes erlaubt.

German
Status: Publisher's Version
URN: urn:nbn:de:tuda-tuprints-269447
Classification DDC: 600 Technology, medicine, applied sciences > 620 Engineering and machine engineering
Divisions: 16 Department of Mechanical Engineering > Institute for Nano- and Microfluidics (NMF)
Date Deposited: 11 Apr 2024 10:47
Last Modified: 12 Apr 2024 10:02
URI: https://tuprints.ulb.tu-darmstadt.de/id/eprint/26944
PPN: 517102765
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