Rab5はエンドソームに局在し，エンドソームの融合のみならず多様な現象を制御する分子スイッチとして機能することが知られている．Rab5をGDP型からGTP型へと活性化するグアニンヌクレオチド交換因子（GEF）には，Vps9ドメインと呼ばれる活性部位が広く保存されている．シロイヌナズナにおいても，Vps9ドメインを持つVPS9aが，全てのRab5 GTPase（ARA6，ARA7，RHA1）を活性化する。VPS9aはVPS9ドメイン以外には既知のドメイン構造が予測されていない．このドメイン構造の予測されないC末端側の領域を欠失した変異型VPS9aでは，動物のRab5のオルソログと考えられるARA7やRHA1に対しては野生型と同等の活性を示すのに対し，植物特異的なARA6に対しては活性の上昇が確認された．このことからVPS9aのC末端側の領域は，植物特異的なARA6に特化した制御に関与することが示唆された．現在，VPS9aのC末端側の領域が担う機能について，さらに詳細な解析を行っている．