妊婦に対しても感染症の治療・予防の目的で抗生剤を投与する機会が多い. 1) 順天堂大学浦安病院での1988年上半期における調査では, 妊婦300人のうち約20%が妊娠中のいずれかの期間に抗生剤をはじめとする抗菌剤の使用をしていた. 2) 妊婦での抗生剤の血中濃度は非妊婦 (非妊時) に比べ低下するものが多いとされ, また妊娠中毒症での腎機能障害のある例においては, 血中濃度の異常な上昇に注意する必要がある. 3) 胎児・新生児障害の危険性がある薬剤には, テトラサイクリン系・クロラムフェニコール・ストレプトマイシン・サルファ剤などがあり, ピリドンカルボン酸系も妊婦では避けたほうがよい. 4) 胎児, 羊水感染に対してはβラクタム剤の使用がよい. 5) 妊婦の一般感染症に対してはβラクタム剤が主として用いられ, その他エリスロマイシンなども使用される. 6) 常用抗生剤の乳汁中への移行は微量であるとされるが, 授乳中に避けたほうがよい薬剤もある.