Comparación de 3 kits de real time RT-PCR para detección de SARS-CoV-2
DOI:
https://doi.org/10.14409/favecv.v20iSuppl..10131Palabras clave:
Diagnóstico molecular, GeneFinder, BGI, DisCoVery, SARS-CoV-2Resumen
El objetivo de este trabajo fue analizar la performance de 3 kits comerciales de real time RT-PCR para la detección de SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos, mediante el criterio de mayoría. Se seleccionaron 100 muestras de ARN informadas en el SISA como detectables (n=50) o no detectables (n=50) con el GeneFinder-COVID-19 Plus RealAmp, que fueron posteriormente analizadas mediante el BGI-Real-Time Fluorescent for Detecting SARS-CoV-2 y el DisCoVery-SARS-CoV-2 RT-PCR. Los niveles de concordancia fueron de buenos a excelentes; Genefinder y DisCoVery presentaron sensibilidad del 100%, mientras que BGI presentó una sensibilidad menor al 90%. Se analizaron los productos de 10 muestras discordantes o dudosas mediante electroforesis en gel de agarosa. Se confirmaron 3 muestras como falsos negativos del BGI y 5 muestras detectables al DisCoVery se presumen como verdaderos positivos. El uso de los kits DisCoVery y GeneFinder™ se presenta como una excelente opción, con buenos valores de sensibilidad y especificidad.
Descargas
Citas
Arevalo-Rodriguez I, Buitrago-Garcia D, Simancas-Racines D, Zambrano-Achig P, del Campo R, Ciapponi A, Sued O, Martinez-Garcia L, Rutjes A, Low N, Perez-Molina JA, Zamora J. 2020. False-negative results of initial RT-PCR assays for covid-19: a systematic review. PLoS One 15: e0242958.
Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A, Chu DKW, Bleicker T, Brünink S, Schneider J, Schmidt ML, Mulders DGJC, Haagmans BL, van der Veer B, van den Brink S, Wijsman L, Goderski G, Romette JL, Ellis J, Zambon M, Peiris M, Goossens H, Reusken C, Koopmans MPG, Drosten C. 2020. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 25: 2000045.
Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H, Wang W, Song H, Huang B, Zhu N, Bi Y, Ma X, Zhan F, Wang L, Hu T, Zhou H, Hu Z, Zhou W, Zhao L, Chen J, Meng Y, Wang J, Lin Y, Yuan J, Xie Z, Ma J, Liu WJ, Wang D, Xu W, Holmes EC, Gao GF, Wu G, Chen W, Shi W, Tan W. 2020. Genomic characterization and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet 395: 565-74.
Moore NM, Li H, Schejbal D, Lindsley J, Hayden MK. 2020. Comparison of Two Commercial Molecular Tests and a Laboratory-Developed Modification of the CDC 2019-nCoV Reverse Transcriptase PCR Assay for the Detection of SARS-CoV-2. J. Clin. Microbiol. 58: e00938-20.
Moré G, Panei CJ, Fuentealba N, Aspitia C, Bravi ME, Origlia J, Rambeaud M, Tizzano MA, Rudd Garcés G, Golijow C, Unzaga JM, Pecoraro M. 2020. Resultados del primer bimestre de trabajo de la unidad de diagnóstico COVID-19 de la Facultad de Ciencias Veterinarias-UNLP. Analecta Veterinaria 40: https://doi.org/10.24215/15142590e050
Ramirez JD, Muñoz M, Hernandez C, Flórez C, Gomez S, Rico A, Pardo L, Barros EC, Paniz-Mondolfi AE. 2020. Genetic Diversity Among SARS-CoV2 Strains in South America may Impact Performance of Molecular Detection. Pathogens 9: 580.
Shi J, Han D, Zhang R, Li J, Zhang R. 2020. Molecular and serological assays for SARS-CoV-2: insights from genome and clinical characteristics. Clin. Chem. 66: 1030-46.
Watson J, Whiting PF, Brush JE. 2020. Interpreting a covid-19 test result. Brit. Med. J. 369: m1808.
Woloshin S, Patel N, Kesselheim AS. 2020. False Negative Tests for SARS-CoV-2 Infection — Challenges and Implications. New Engl. J. Med. 383: e38.
Ye ZW, Yuan S, Yuen KS, Fung SY, Chan CP, Jin DY. 2020. Zoonotic origins of human coronaviruses. Int. J. Biol. Sci. 16: 1686-97.
Descargas
Publicado
Cómo citar
Número
Sección
Licencia
FAVE Sección Ciencias Veterinarias ratifica el modelo Acceso Abierto en el que los contenidos de las publicaciones científicas se encuentran disponibles a texto completo libre y gratuito en Internet, sin embargos temporales, y cuyos costos de producción editorial no son transferidos a los autores. Esta política propone quebrar las barreras económicas que generan inequidades tanto en el acceso a la información, como en la publicación de resultados de investigaciones.
Los artículos de la revista son publicados en http://bibliotecavirtual.unl.edu.ar/publicaciones/index.php/FAVEveterinaria/issue/current/, en acceso abierto bajo licencia Creative CommonsAtribución-NoComercial-Compartir Igual 4.0 Internacional.
