アスナロ属は日本特産の常緑針葉樹であり、南方変種のアスナロ(Thujopsis dolabrata)と北方変種のヒノキアスナロ(Thujopsis dolabrata var. hondae)(以下、ヒバとする)が知られている。両変種は球果の外部形態に差異があることが認められているほか、本州中部の一部を除いて天然分布域が異なる。しかしながら、両変種の遺伝的な差異に関しては不明な点が多い。本研究では、EST-SSRマーカーを用いた解析によってアスナロとヒバの天然集団の遺伝的構造を明らかにし、ヒノキ科アスナロ属の遺伝的分化及び遺伝的多様性に関する知見を得ることを目的としている。本発表では、アスナロ4集団（長野、兵庫、岐阜、徳島）及びヒバ17集団（北海道、青森、岩手、山形、新潟、石川、群馬)、計21集団を対象にヒバ由来のESTライブラリから開発されたEST-SSRマーカー19座を用いて遺伝構造解析を行った結果を報告する。