Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features
Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
17 October 2014  |  analyses__2014_10_17
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doi:10.7908/C1FF3R8D
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2014): Correlation between copy number variations of arm-level result and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1FF3R8D
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significant arm-level copy number variations (cnvs) and selected clinical features.

Summary

Testing the association between copy number variation 80 arm-level events and 14 clinical features across 476 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • 17p gain cnv correlated to 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between significant copy number variation of 80 arm-level events and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE NEOPLASM
DISEASESTAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION 		NUMBERPACKYEARSSMOKED COMPLETENESS
OF
RESECTION 		RACE ETHNICITY
nCNV (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
17p gain 79 (17%) 397 0.0535
(1.00) 		0.0201
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.137
(1.00) 		5.88e-06
(0.00659) 		0.174
(1.00) 		0.0551
(1.00) 		0.605
(1.00)
1p gain 130 (27%) 346 0.609
(1.00) 		0.00551
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.00876
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		1
(1.00)
1q gain 282 (59%) 194 0.88
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.451
(1.00)
2p gain 147 (31%) 329 0.102
(1.00) 		0.0371
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.517
(1.00) 		1
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.0257
(1.00)
2q gain 132 (28%) 344 0.199
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.0853
(1.00)
3p gain 39 (8%) 437 0.849
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.825
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0665
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0937
(1.00)
3q gain 84 (18%) 392 0.87
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.108
(1.00)
4p gain 80 (17%) 396 0.769
(1.00) 		0.00558
(1.00) 		0.0141
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		1
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.293
(1.00)
4q gain 45 (9%) 431 0.483
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.0266
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.0268
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.49
(1.00)
5p gain 258 (54%) 218 0.48
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.0798
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.00856
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.911
(1.00) 		1
(1.00)
5q gain 117 (25%) 359 0.631
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.0326
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00)
6p gain 132 (28%) 344 0.1
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.0355
(1.00) 		0.111
(1.00)
6q gain 56 (12%) 420 0.647
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.993
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.221
(1.00)
7p gain 250 (53%) 226 0.27
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.0026
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.0309
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.0297
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.708
(1.00)
7q gain 205 (43%) 271 0.967
(1.00) 		0.00396
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.46
(1.00)
8p gain 117 (25%) 359 0.519
(1.00) 		0.0403
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.0859
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.00395
(1.00) 		0.0674
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.199
(1.00)
8q gain 229 (48%) 247 0.113
(1.00) 		0.0212
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.0162
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.262
(1.00) 		1
(1.00)
9p gain 45 (9%) 431 0.318
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.356
(1.00) 		1
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.157
(1.00) 		1
(1.00)
9q gain 33 (7%) 443 0.794
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0496
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.788
(1.00) 		1
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.584
(1.00) 		1
(1.00)
10p gain 107 (22%) 369 0.305
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.0463
(1.00) 		0.0851
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.00199
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.632
(1.00)
10q gain 77 (16%) 399 0.324
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.00265
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.457
(1.00) 		1
(1.00)
11p gain 91 (19%) 385 0.551
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.067
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.622
(1.00)
11q gain 112 (24%) 364 0.794
(1.00) 		0.0126
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.0803
(1.00) 		0.366
(1.00)
12p gain 132 (28%) 344 0.926
(1.00) 		0.0162
(1.00) 		0.0576
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.68
(1.00)
12q gain 125 (26%) 351 0.203
(1.00) 		0.0974
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.465
(1.00) 		1
(1.00) 		0.518
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.528
(1.00) 		1
(1.00)
13q gain 42 (9%) 434 0.876
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.0174
(1.00) 		1
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.443
(1.00)
14q gain 115 (24%) 361 0.875
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.00331
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.0595
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00)
15q gain 37 (8%) 439 0.0698
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.0191
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.016
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00)
16p gain 121 (25%) 355 0.127
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.0697
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.679
(1.00)
16q gain 93 (20%) 383 0.382
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.0502
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.207
(1.00) 		1
(1.00)
17q gain 180 (38%) 296 0.252
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00529
(1.00) 		0.0348
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.708
(1.00)
18p gain 90 (19%) 386 0.622
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.000967
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.353
(1.00)
18q gain 66 (14%) 410 0.68
(1.00) 		0.0536
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.0259
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.00278
(1.00) 		0.0596
(1.00) 		0.0468
(1.00) 		0.602
(1.00)
19p gain 31 (7%) 445 0.0295
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		1
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.431
(1.00)
19q gain 71 (15%) 405 0.449
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.04
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.317
(1.00)
20p gain 161 (34%) 315 0.128
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0384
(1.00) 		0.429
(1.00)
20q gain 186 (39%) 290 0.173
(1.00) 		0.0587
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.00161
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.109
(1.00) 		1
(1.00)
21q gain 87 (18%) 389 0.788
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.0929
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.542
(1.00) 		1
(1.00) 		0.207
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00)
22q gain 61 (13%) 415 0.337
(1.00) 		0.0796
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00)
xq gain 72 (15%) 404 0.401
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.161
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0613
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.601
(1.00)
1p loss 77 (16%) 399 0.75
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.00642
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.00282
(1.00) 		0.0604
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.6
(1.00)
1q loss 27 (6%) 449 0.382
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.307
(1.00) 		1
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.821
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
2p loss 23 (5%) 453 0.158
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.356
(1.00) 		1
(1.00)
2q loss 23 (5%) 453 0.153
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.526
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.0734
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.337
(1.00) 		1
(1.00)
3p loss 199 (42%) 277 0.513
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.0671
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.401
(1.00) 		1
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.472
(1.00)
3q loss 137 (29%) 339 0.384
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.0407
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.319
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0718
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.106
(1.00)
4p loss 110 (23%) 366 0.238
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.231
(1.00) 		1
(1.00)
4q loss 125 (26%) 351 0.477
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.0218
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.61
(1.00) 		1
(1.00)
5p loss 38 (8%) 438 0.382
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.00612
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.455
(1.00)
5q loss 132 (28%) 344 0.186
(1.00) 		0.00328
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.00556
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.0101
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.0225
(1.00)
6p loss 98 (21%) 378 0.0588
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.71
(1.00) 		1
(1.00)
6q loss 201 (42%) 275 0.2
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.843
(1.00) 		1
(1.00)
7p loss 32 (7%) 444 0.177
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.418
(1.00)
7q loss 38 (8%) 438 0.592
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.443
(1.00)
8p loss 188 (39%) 288 0.86
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.0602
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.00507
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.121
(1.00)
8q loss 51 (11%) 425 0.273
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.0955
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.0756
(1.00) 		0.544
(1.00)
9p loss 245 (51%) 231 0.334
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.0432
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.495
(1.00) 		1
(1.00)
9q loss 231 (49%) 245 0.829
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.716
(1.00)
10p loss 104 (22%) 372 0.482
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.0129
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.663
(1.00)
10q loss 124 (26%) 352 0.855
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.00692
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.0715
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.384
(1.00)
11p loss 108 (23%) 368 0.581
(1.00) 		0.0663
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.000274
(0.307) 		0.315
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.366
(1.00)
11q loss 86 (18%) 390 0.92
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.946
(1.00) 		1
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.00192
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.355
(1.00)
12p loss 102 (21%) 374 0.707
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.0766
(1.00) 		0.0249
(1.00) 		0.00565
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.677
(1.00)
12q loss 91 (19%) 385 0.698
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.0356
(1.00) 		0.00998
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.0462
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.176
(1.00) 		1
(1.00)
13q loss 229 (48%) 247 0.998
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.366
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.0485
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.72
(1.00)
14q loss 107 (22%) 369 0.772
(1.00) 		0.0782
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.796
(1.00) 		1
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.0342
(1.00) 		0.677
(1.00)
15q loss 226 (47%) 250 0.159
(1.00) 		0.000552
(0.617) 		0.7
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.0236
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.657
(1.00) 		1
(1.00)
16p loss 107 (22%) 369 0.157
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.0876
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.191
(1.00)
16q loss 134 (28%) 342 0.239
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.101
(1.00)
17p loss 204 (43%) 272 0.173
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.0249
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.139
(1.00)
17q loss 57 (12%) 419 0.413
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.0388
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.758
(1.00) 		1
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00)
18p loss 163 (34%) 313 0.747
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.00926
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.0156
(1.00) 		0.0155
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.738
(1.00) 		1
(1.00)
18q loss 197 (41%) 279 0.805
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.00433
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.0515
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.0619
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.0185
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.441
(1.00)
19p loss 225 (47%) 251 0.0705
(1.00) 		0.0908
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.0278
(1.00) 		0.0132
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.52
(1.00) 		1
(1.00)
19q loss 145 (30%) 331 0.116
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.061
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.00484
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.147
(1.00) 		1
(1.00)
20p loss 111 (23%) 365 0.151
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.354
(1.00) 		1
(1.00)
20q loss 65 (14%) 411 0.572
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.143
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0481
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.237
(1.00)
21q loss 154 (32%) 322 0.599
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.947
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.0964
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.0424
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.242
(1.00) 		1
(1.00)
22q loss 203 (43%) 273 0.732
(1.00) 		0.00137
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.04
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.424
(1.00) 		1
(1.00)
xq loss 59 (12%) 417 0.58
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.0709
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.0206
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.6
(1.00)
'17p gain' versus 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

P value = 5.88e-06 (Wilcoxon-test), Q value = 0.0066

Table S1.  Gene #30: '17p gain' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 328 42.1 (27.3)
17P GAIN MUTATED 54 56.4 (29.4)
17P GAIN WILD-TYPE 274 39.3 (26.0)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #30: '17p gain' versus Clinical Feature #11: 'NUMBERPACKYEARSSMOKED'

Methods & Data
Input

  • Copy number data file = transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = LUAD-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 476

  • Number of significantly arm-level cnvs = 80

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude regions that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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