過去農業供應鏈研究主要偏重於當前產銷系統的分析，即討論廠商間之物流、金流及資訊流等，對於廠商間之關係，侷限於理論的探討，實務面之供應鏈建立討論較少。台灣農業當下面臨產品品牌化、標準化、規格化及條碼化、食品衛生安全、規模不經濟以及交易成本等方面的問題，本文依據國外學者Maloni 及 Benton (1997)、Ronald (1985)、Alam (1996)等人提出之供應鏈效益得知，台灣農業所面臨問題將因供應鏈體系之建立而易獲得解決，故本文企圖藉由組織經濟學觀念分析，在何種情況下農業供應鏈得以建立，及其運行順利的原因。 分析中得知，供應鏈的建立要成功，首要考慮效率邊界劃分，農民團體於供應鏈前端負責生產，因單一農民在市場上從事交易的成本較高，透過合作組織的交易成本則較低，故由生產者共同組成合作社或農會；且農產品生產需要投入專注的人力，由公司經營易產生代理人問題，農民自行經營，因農民就是老闆，不會有代理人問題產生。後端運銷、加工至銷售由大公司整合，因農產品常面臨價格不穩定、運銷價差偏高、運銷損耗率較大等交易不確定性問題，由一公司整合執行，能解決傳統運銷面臨的問題；且公司化經營對市場上資訊取得、契約談判與監督執行能力皆較佳，故由後端制訂制度，前端再加以配合，如此規格化、標準化與品牌化皆可達成。惟台灣農業乃屬弱勢，農民合作社、產銷班的組成仍要有政府支持，但並非干預，以免妨礙契約自由，產生產權重分配的結果。再者，因供應鏈是契約的聯結體，故契約內容格外重要，於契約中增加防衛措施，能減少道德危機，可透過風險共擔、利益均沾的方式訂立契約，或藉由彼此間信任關係的建立與維繫。一個穩定的契約，其價格形成方式必須是雙方認可且合理的，如此方能使契約穩定持久，目前農產品價格形成，因考慮農民為弱勢團體，採用成本報價方式，市場報價無法確實實施，此種不合理現象，使得市場機能無法正常運作，建議能採用市場報價方式。