2003年由於欠缺相關防疫及指揮系統經驗、相關檢驗診斷能力以及感染控制等因素，台灣在經歷SARS (severe acute respiratory syndrome)流行的肆虐後，使得台灣公衛防疫系統遭受重大損失。也因從SARS記取的經驗及教訓，致使台灣公衛體系積極整備，以面對隨時可能爆發的其他新興傳染疾病的流行。緊接著SARS之後，2003年12月亞洲爆發起H5N1流感疫情，對全球公共衛生防疫又造成了另一次的威脅。2009年初H1N1新型流感暴發以來，更使得公共衛生防疫議題更加被重視，幸好此次H1N1新型流感屬溫和大流行，否則若如SARS或H5N1流感高死亡率，對整個社會將造成無可抹滅損失。