染色体・遺伝子異常は，リンパ系腫瘍の病型分類，予後推定，治療選択の指標となる．double-color FISHが臨床検査法として確立しており，とくに，悪性リンパ腫と多発性骨髄腫におけるBCL2-IGH，CCND1-IGH再構成などの特異的IGH転座の検出に欠かせない．染色体分染法で病型特異的異常を単一細胞に検出した場合は，診断的意義を有しているのでクローン性を判定するために間期核FISH法で確認する．