クローズアップ実験法

2024年6月号 Vol.42 No.9 詳細ページ
知っていますか？TCGAの更新状況
丹下正一朗，井戸川雅史，時野隆至
370 知っていますか? TCGAの更新状況 丹下正一朗,井戸川雅史,時野隆至 何ができるようになった? ヒトのがん組織の遺伝子発現状況を取得するためのデータベースとして TCGA が重宝されるように なって久しい .主にがん研究者にとって重要なインフラとなりつつあるこのデータベースの情報は , 時間とともに変化を遂げてきている.本稿では,TCGA の RNA-Seq データに関する情報の変遷,お よび最新データの取得方法について概説したい. 必要な機器・試薬・テクニックは? 本稿で紹介する最新データの取得およびテーブルの作成,ウェブツール RNAseqChef を用いた解 析においてはターミナル操作が可能な状態にある PC さえあれば実行可能 .プログラミングの知識が なくとも,スクリプトを実行することが可能なはずである. はじめに 背景 特定の遺伝子が実際のがん組織でどのくらい発現し TCGA は,米国がん研究所(NCI)やアメリカ国立 ているか,また,どの変異がどのくらいの割合で存在し ヒトゲノム研究所(NHCGI)が中心となって臨床検体 ているか ,といった臨床検体から得られた情報を利用 のマルチオミクス解析データを収集し,カタログ化す したいと考えるがん研究者は少なくないだろう.米国国 ることを通じて,がん組織における分子機序の解明を 立衛生研究所(NIH)のウェブサイト内のGenome Data 目的としたプロジェクトである.2005 年にはじまった Center(GDC)には,臨床検体から取得したさまざま このプロジェクトでは,膠芽腫検体を用いた解析結果 な情報が収録されている.The Cancer Genome Atlas の報告が 2008 年になされた 1)のを皮切りに,がん種ご (以下 TCGA)プロジェクトは,そのなかでも 33 種類の とに解析結果の論文化がなされている.2012 年には, がんについて,合計 10,000 名を超える患者情報をカバー ゲノムデータリポジトリとして C G Hu b が立ちあげら しており,研究者の要求に答えられる多くの解析情報 れ 2),一般の研究者からも解析データへのアクセスが を擁する一大公共データセットを形成している.なお, 容易となった.TCGA のプロジェクトに基づく臨床検 GDC に収録されたデータは多岐にわたるが,本稿では 体の収集は 2013 年で完了し ,一連の解析は 2018 年に RNA-Seq データおよび NIH に認証を得ることなく取 Cancer Cell に掲載されたがん種横断的解析の報告 3)を 得可能なオープンアクセスデータに絞って解説する. もって一区切りとなった. Do you know that the data contained in the TCGA has changed over time? Shoichiro Tange,Masashi Idogawa,Takashi Tokino:Department of Medical Genome Sciences, Cancer Research Institute, Sapporo Medical University(札幌医科大学医学部附属研究所がん研究所ゲノム医科学部門) 1414 実験医学 Vol. 42 No. 9(6 月号)2024
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