シリコン上に，DNAの直径と同程度（2nm）の孔（ナノポア）を形成し，ナノポア中にDNAが通り抜ける間隔で電極を作成したデバイスを用いて，DNAのシークエンシングを行う技術である．ナノポア中の電極間にトンネル電流を流し，1分子の1本鎖DNAを一定速度で通過させると，DNAの各塩基の電子状態の違いにより，トンネル電流値が変化するために，その変化量を解析しDNA配列を解読できる．DNA解読速度は，1秒間に1,000塩基程度であり，1,000個のナノポアを並列化することで，1時間で30億塩基のヒト・ゲノム解析が可能になる．DNAのみならず，RNA，メチル化DNA，タンパク質もシークエンシング可能である．