細胞核の主要な構築物は核内にランダムに配置されているわけではなく、組織、遺伝子により異なっているなど、ある一定の規則性が認められることが指摘されてきた。特に近年、新しい解析技術が開発されたことにより、細胞核内におけるクロマチン配置に関する詳細かつグローバルな知見が、急速に蓄積されつつあり、エピジェネティクスに加えて遺伝情報制御の新たな機構として注目されている。我々は、これまで神経細胞の分化、成熟の過程および成熟ニューロンでの機能発現時における細胞核構造を解析してきた。遺伝子座の核内配置については、隣接する遺伝子座をクロスリンクした後マイクロアレイで探索するCircular chromosome conformation capture (4C)法や、新生RNAに対するfluorescence in situ hybridization (FISH)や遺伝子座に対するDNA FISH法を用いて、異なる遺伝子座同士の会合や核膜への局在などの観点から解析している。一方、クロマチンの核内配置に加えて、これを構成する因子の動的な振る舞いの変動もクロマチンの機能発現に重要であることが指摘されている。これに関しても我々は、fluorescence recovery after photobleach (FRAP)法や、塩抽出法にて、神経細胞におけるヒストンやクロマチン関連タンパク質の動態解析も試みている。本シンポジウムでは、細胞核構造の解析技術を紹介しつつ、その技術を用いた我々の最近の研究成果を提示するとともに、細胞核構造の解析の意義について考察したい。