Alignment S3. Sequences of three Elodea canadensis haplotypes (H1-H3) and four E. nuttallii haplotypes (A-D) revealed using nine cpDNA loci. Locus 1125A >H1 GGAGAAGAATAAAGGAA----TCCTTTTTCAATTGAAACATGCTCGTTCATTCCTACTAC TTAATTTCTCTTAATTCTGAATTTCTTTTTATTATATCTTCCCGGAGTTCATTCTCCGGG GAATTTTTTTTTTCAATCATTGTTGCATATTATATAT--TACTTAATAAGATAACCTCTT TTATTTGATAATCTTATTGGAAATCATGTAAAGACTATTTTTATTTGATATAGCTATTTG CGCAAGTATTTTACGATTAGAAACTACTTGCCTCTTATACAGATCATGTATTAATCTACT ATAACTATAGGAGA >H2 GGAGAAGAATAAAGGAA----TCCTTTTTCAATTGAAACATGCTCGTTCATTCCTACTAC TTAATTTCTCTTAATTCTGAATTTCTTTTTATTATATCTTCCCGGAGTTCATTCTCCGGG GAATTTTTTTT--CAATCATTGTTGCATATTATATATATTACTTAATAAGATAACCTCTT TTATTTGATAATCTTATTGGAAATCATGTAAAGACTATTTTTATTTGATATAGCTATTTG CGCAAGTATTTTACGATTAAGAACTACTTGCCTCTTATACAGATCATGTATTAATCTACT ATAACTATAGGAGA >H3 GGAGAAGAATAAAGGAA----TCCTTTTTCAATTGAAACATGCTCGTTCATTCCTACTAC TTAATTTCTCTTAATTCTGAATTTCTTTTTATTATATCTTCCCGGAGTTCATTCTCCGGG GAATTTTTTTT--CAATCATTGTTGCATATTATATATATTACTTAATAAGATAACCTCTT TTATTTGATAATCTTATTGGAAATCATGTAAAGACTATTTTTATTTGATATAGCTATTTG CGCAAGTATTTTACGATTAAGAACTACTTGCCTCTTATACAGATCATGTATTAATCTACT ATAACTATAGGAGA >A 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