Place des technologies de séquençage haut débit en oncologieRole of high-throughput sequencing in oncology
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Technologies de next-gen sequencing
Il n’existe pas une technologie NGS mais plusieurs (figure 1). Elles ont en commun de permettre un séquençage massif de millions de fragments d’ADN en parallèle (plusieurs milliards de bases) en un temps réduit (moins de deux semaines entre la réception de l’échantillon et le résultat brut). Le NGS a permis de réaliser le séquençage de génomes complets par une technique à présent classique de shotgun. Le génome est cassé en fragments de quelques dizaines de bases, puis amplifié et, enfin,
Applications dans la recherche
L’utilisation de ces technologies a permis de découvrir de nouvelles mutations dans plusieurs cancers. Ces premiers travaux ont été suivis de confirmation sur grandes séries permettant d’identifier de nouvelles classes pronostiques dans des groupes tumoraux pouvant paraître homogènes a priori [17, 18]. L’utilisation de ces techniques peut aussi, de par leur profondeur et leur couverture, révéler des mutations inédites et donc de nouvelles cibles thérapeutiques 19., 20., 21.. L’identification de
Applications en clinique
Les applications à venir en clinique sont nombreuses. En activité quotidienne de génétique constitutionnelle, la généralisation du NGS avec les séquenceurs « de paillasse » permettra un très net raccourcissement des délais pour la recherche des mutations des gènes de prédisposition afin de répondre à la demande [24]. à l’instar de la génétique constitutionnelle, la recherche de mutations somatiques lors de l’examen diagnostique pourra utiliser les technologies de code-barres et d’appâts. On
Conclusion
Les techniques de haut débit ont déjà permis des avancées majeures dans la recherche en oncologie. Les nouvelles techniques de NGS vont induire une réduction du coût ainsi que du temps de réalisation. Le NGS arrivera ainsi de plein pied dans la pratique clinique dans les années à venir. Il permettra d’obtenir rapidement le profil moléculaire d’une tumeur afin d’identifier une cible. Il pourra également participer au suivi des patients grâce à l’évaluation du taux d’ADN tumoral circulants.
Conflits d’intérêts
aucun.
Remerciements
Les auteurs remercient Gaëlle Pierron et Patricia Legoix-Né pour leurs conseils d’écriture.
Références (29)
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(2010) Birth notice: a new bone sarcoma has been born
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Computational solutions to large-scale data management and analysis
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Mutation of FOXL2 in granulosa-cell tumors of the ovary
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Solution hybrid selection with ultra-long oligonucleotides for massively parallel targeted sequencing
Nat Biotechnol
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Genetic diagnosis by whole exome capture and massively parallel DNA sequencing
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Accurate whole-genome sequencing and haplotyping from 10 to 20 human cells
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Intratumor heterogeneity and branched evolution revealed by multiregion sequencing
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2014, Critical Reviews in Oncology/HematologyCitation Excerpt :It allows sequencing of several genes in a same time, from tens of them to the whole genome. Results can be obtained in 1–15 days according to the length of the amplicons studied [104]. This new sequencing technology, quicker and cheaper than the classical Sanger technique, can identify already known or unknown mutations.
Next-generation sequencing in lung cancer: Main technologies, applications and current limitations in pathology
2014, Revue Francophone des LaboratoiresGTSE1 is involved in breast cancer progression in p53 mutation-dependent manner
2019, Journal of Experimental and Clinical Cancer ResearchPersonalized medicine and breast cancer: Anticipatory medicine, prognostic evaluation and therapeutic targeting
2014, Medecine Therapeutique