Elsevier

Bulletin du Cancer

Volume 100, Issue 3, March 2013, Pages 295-301
Bulletin du Cancer

Place des technologies de séquençage haut débit en oncologieRole of high-throughput sequencing in oncology

https://doi.org/10.1684/bdc.2013.1717Get rights and content

Résumé

Les technologies de haut débit font partie des principales innovations techniques en biologie de ces dernières années. Le séquençage haut débit, également nommé séquençage massif, de nouvelle génération ou next-gen sequencing (NGS) permet le séquençage de millions de fragments en parallèle en un temps réduit. Ces techniques ont permis de découvrir des millions de variants dont la valeur fonctionnelle et clinique reste encore à déterminer. Elles permettent de rechercher rapidement des mutations somatiques ou constitutionnelles inconnues. La complexité de l’interprétation et le volume de cette information ainsi que les investissements nécessaires font que ces techniques sont actuellement développées dans des structures dédiées. L’objectif de cet article est de présenter les différentes techniques, les technologies associées et traiter de ses applications actuelles.

Abstract

New sequencing technologies are one of the most important technical advances in biology in the last 10 years. These technologies allow sequencing millions of DNA fragments in parallel, covering billions of bases in a short period of time. These techniques allowed discovering millions of variants, which functional and clinical value rest yet to be confirmed. This technology allows us to search new constitutional and somatic mutations in various samples in a short time. The complexity of data interpretation and size of data as well as the important investment needed to implement make these technologies to be present only in big institutions. The objective of this article is to present the different techniques, their associated technologies and to discuss their current applications.

Section snippets

Technologies de next-gen sequencing

Il n’existe pas une technologie NGS mais plusieurs (figure 1). Elles ont en commun de permettre un séquençage massif de millions de fragments d’ADN en parallèle (plusieurs milliards de bases) en un temps réduit (moins de deux semaines entre la réception de l’échantillon et le résultat brut). Le NGS a permis de réaliser le séquençage de génomes complets par une technique à présent classique de shotgun. Le génome est cassé en fragments de quelques dizaines de bases, puis amplifié et, enfin,

Applications dans la recherche

L’utilisation de ces technologies a permis de découvrir de nouvelles mutations dans plusieurs cancers. Ces premiers travaux ont été suivis de confirmation sur grandes séries permettant d’identifier de nouvelles classes pronostiques dans des groupes tumoraux pouvant paraître homogènes a priori [17, 18]. L’utilisation de ces techniques peut aussi, de par leur profondeur et leur couverture, révéler des mutations inédites et donc de nouvelles cibles thérapeutiques 19., 20., 21.. L’identification de

Applications en clinique

Les applications à venir en clinique sont nombreuses. En activité quotidienne de génétique constitutionnelle, la généralisation du NGS avec les séquenceurs « de paillasse » permettra un très net raccourcissement des délais pour la recherche des mutations des gènes de prédisposition afin de répondre à la demande [24]. à l’instar de la génétique constitutionnelle, la recherche de mutations somatiques lors de l’examen diagnostique pourra utiliser les technologies de code-barres et d’appâts. On

Conclusion

Les techniques de haut débit ont déjà permis des avancées majeures dans la recherche en oncologie. Les nouvelles techniques de NGS vont induire une réduction du coût ainsi que du temps de réalisation. Le NGS arrivera ainsi de plein pied dans la pratique clinique dans les années à venir. Il permettra d’obtenir rapidement le profil moléculaire d’une tumeur afin d’identifier une cible. Il pourra également participer au suivi des patients grâce à l’évaluation du taux d’ADN tumoral circulants.

Conflits d’intérêts

aucun.

Remerciements

Les auteurs remercient Gaëlle Pierron et Patricia Legoix-Né pour leurs conseils d’écriture.

Références (29)

  • M. Choi et al.

    Genetic diagnosis by whole exome capture and massively parallel DNA sequencing

    Proc Natl Acad Sci U S A

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  • N. Navin et al.

    Tumour evolution inferred by single-cell sequencing

    Nature

    (2011)
  • B.A. Peters et al.

    Accurate whole-genome sequencing and haplotyping from 10 to 20 human cells

    Nature

    (2012)
  • M. Gerlinger et al.

    Intratumor heterogeneity and branched evolution revealed by multiregion sequencing

    N Engl J Med

    (2012)
  • Cited by (5)

    • Personalized medicine: Present and future of breast cancer management

      2014, Critical Reviews in Oncology/Hematology
      Citation Excerpt :

      It allows sequencing of several genes in a same time, from tens of them to the whole genome. Results can be obtained in 1–15 days according to the length of the amplicons studied [104]. This new sequencing technology, quicker and cheaper than the classical Sanger technique, can identify already known or unknown mutations.

    • GTSE1 is involved in breast cancer progression in p53 mutation-dependent manner

      2019, Journal of Experimental and Clinical Cancer Research
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