Zusammenfassung
Die aktuelle Forschung in der molekularen Genetik und die Erfolge bei der Analyse von Genexpression und Proteinfunktion führen zu einer bisher unerreichten Fülle von Informationen über biologische Phänomene. Werkzeuge, die eine quantitative Beschreibung und Analyse ermöglichen, haben dabei eine entscheidende Bedeutung. Der Beitrag stellt Werkzeuge zur Modellerstellung, -simulation und -analyse vor, die bereits für eine Anzahl von biologischen Modellsystemen (Bakterien, Hefen) angewendet wurden. Das Werkzeug ProMoT dient zur automatischen Erstellung der Modellgleichungen, die anschliessend vom Gleichungslöser Diva numerisch untersucht werden können. Eine Analyse der Modellstruktur sowie die Berechnung von stationären Flüssen ist mit dem FluxAnalyzer möglich.
Abstract
Current research in molecular genetics and success in developing methods for functional genomics and proteomics lead to an unrivaled knowledge on biological systems. Tools that allow for a quantitative description and analysis become therefore more and more important. The paper at hand introduces tools for model set up, dynamical simulation and analysis. The tools were successfully applied for a number of biological model systems. Tool ProMoT supports the automatical generation of model equations; the equations were afterwards solved numerically with Diva. To analyze the structure of and to calculate flux distributions in metabolic networks, the FluxAnalyzer was developed.
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